Après un diplôme de composition dans la classe d’Aliocha Solovera à l’Université pontificale catholique du Chili, Francisco Alvarado intègre en 2010 le Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris où il étudie la composition avec Stefano Gervasoni et les nouvelles technologies avec Luis Naón et Yan Maresz. De 2013 à 2015, il suit le Cursus de composition de l’Ircam. Ses études sont marquées par des rencontres avec des compositeurs tels Alberto Posadas, Hèctor Parra Esteve, Claude Ledoux, Brice Pauset, Brian Ferneyhough et Chaya Czernowin.
En 2008, il est lauréat du concours des jeunes compositeurs de l’Orchestre symphonique du Chili et remporte en 2009, dans le cadre des prix de la Jeune Création INJUVE, le prix du Centre pour la diffusion de la musique contemporaine (CDMC, Madrid). Il représente le Chili aux World Music Days 2013 en Slovaquie avec sa pièce Tricycle. En 2016, il participe à l’Académie de composition du Festival Musica avec Philippe Manoury et Alberto Posadas, dont il termine lauréat. En 2017, il est résident du « Core Program » de la Fondation Camargo à Cassis et, en 2019-2020, au SWR ExpermientalStudio et au GMEM de Marseille.
Francisco Alvarado a reçu en 2013 une commande d’état pour sa pièce Convergences créée à l’Abbaye de Royaumont. L’opéra Maudits les Innocents, dont il a composé le dernier acte, a été joué à l’amphithéâtre de l’Opéra Bastille en décembre 2014 et sa pièce Karukinka figurait au programme du Festival Musica 2015. Sa pièce corps et ombre ensemble s’engloutissent (2018) pour contrebasse et ensemble est créée à l’Opéra national du Rhin de Strasbourg par l’Ensemble Linea.
Ses œuvres ont été interprétées entre autres par l’Ensemble Makrokosmos, le Quatuor Xasax, le Grup Instrumental de València, le Quatuor Diotima, l’Ensemble Multilatérale, l’Orchestre des lauréats du Conservatoire national supérieur de musique et de danse de Paris et l’Orchestre symphonique du Chili.
Son travail est actuellement orienté vers l’interaction entre la musique, la scène et l’électronique dans le cadre de projets multidisciplinaires.
Francisco Alvarado a reçu des bourses d’études de la Fondation de France, du Fonds de Tarrazi, du Fonds de la culture et des arts du gouvernement du Chili, de la banque Santander et de la Fondation Marcel Bleustein-Blanchet pour la Vocation.